Da zum Schutz des Landes an strategisch wichtigen Punkten Truppen in ortsfesten Verteidigungsanlagen bereit gehalten werden mussten, entstand am Weserübergang die Festung Hameln. Bereits zu Beginn des Dreißigjährigen Krieges (1618-1648) begann man mit dem Ausbau der mittelalterlichen Anlagen, die Hameln bis dahin geschützt hatten. Gegen "moderne" Kanonen nutzten sie jedoch nicht viel.
Am 2. August 1625 rückte der Feldherr Graf Tilly (1559-1632) ohne Gegenwehr in die Stadt; die kaiserlich-katholische Besatzung blieb acht Jahre, in denen die Stadt große finanzielle Opfer zu erbringen hatte - sie hatte noch Glück, anderen Städten erging es wesentlich schlimmer.
Nach dem Dreißigjährigen Krieg verlor Hameln aufgrund zerstörter Handelsbeziehungen weitgehend seine Eigenständigkeit und geriet unter landesherrliche Verwaltung. Herzog Johann Friedrich von Braunschweig (1625-1679), Begründer der späteren Hannoverschen Armee, ließ die Stadt zur "Landes- und Prinzipal-Festung" ausbauen, woran die "vier großen Städte" (Hameln, Hannover, Göttingen und Northeim) sich finanziell zu beteiligen hatten. Man protestierte und der Streit spitzte sich schließlich derart zu, dass der Landesherr 1663 exemplarisch der Stadt Hannover mit einer militärischen Exekution drohte, die Städte gaben nach - und zahlten. 1668 meldete der leitende Baumeister, dass der größte Teil fertig sei und "... der Rest der Arbeiten innerhalb weniger Monate vollendet werden könne, sofern der Herzog das nötige Geld schicke".
Auch der siebenjährige Krieg (1756-1763) ging an Hameln nicht vorbei. Die Stadt war mittlerweile zu einer modernen Landesfestung ausgebaut worden, als am 26. Juli 1757 die Schlacht bei Hastenbeck stattfand; drei Tage später wurde die Festung kampflos an die Franzosen übergeben.
Nach Kriegsende bezog man auch den auf der gegenüberliegenden Weserseite liegenden Klütberg in die Befestigungsanalgen ein. Hier entstand das von der Hauptfestung unabhängige Fort "George". Fortan galt Hameln als uneinnehmbar – als das "Gibraltar des Nordens".
Im Zug der napoleonischen Kriege wurden am 16. Mai 1803 Maßnahmen für den Fall einer Belagerung festgelegt, zu der es jedoch nicht kam – nach wechselnder Besatzung rückten preußische Truppen ein und kapitulierten am 20. November 1806 kampflos vor den Franzosen. Für diese schmachvolle Übergabe verurteilte ein Kriegsgericht den dafür verantwortlichen 76-jährigen Generalmajor von Schöler zu lebenslänglicher Festungshaft, nach Kriegsende begnadigte man ihn jedoch.
Anfang Januar 1808 teilte der französische Kommandeur Dorsner der Stadtverwaltung mit, dass Seine Majestät, Kaiser Napoleon, die Schleifung der Fortifikation von Hameln befohlen habe, dergestalt, dass "kein Stein auf dem anderen bleibe". Der Befehl wurde unverzüglich umgesetzt und dem Amtsschreiber Wehner aus Nienburg am 23. Januar 1808 "[...] die Direction über diese Demolitions - Angelegenheit übertragen [...]".
Trotz allergrößter Schwierigkeiten bei der Unterbringung und Versorgung der etwa 4.000 Arbeiter, ausbrechenden Krankheiten und tödlichen Unfällen sowie mangelndem Arbeitsgerät und Fuhrwerken waren die Abbrucharbeiten ein gutes halbes Jahr später fast vollendet - die Festung Hameln gab es nicht mehr. Die Stadt Hameln glaubte sich nach dem Freiwerden des ehemaligen Festungsgeländes berechtigt, das ihr 1665 zum Festungsbau weggenommene Gebiet nun zurückfordern zu können. Die sich über Jahre hinwegziehenden zähen Verhandlungen zwischen dem Magistrat von Hameln und dem Kriegsministerium in Hannover wegen des ehemaligen Festungsgeländes mündeten schließlich 1850 in einem Vergleich: die Stadt Hameln erhielt bis auf einige wenige Ausnahmen ihre ehemaligen Ländereien zurück.