Träger des Museums Hameln ist der Museumsverein Hameln e.V. Für den Betrieb des Museums arbeitet der Verein partnerschaftlich mit der Stadt Hameln zusammen. Diese stellt neben erheblichen finanziellen Mitteln auch hauptamtliches Personal einschließlich der Museumsleitung. Das Museumsteam bildet damit eine eigene Abteilung innerhalb der Stadtverwaltung.