Die Rattenfängerstadt ist auch Taufpatin einer S-Bahn. Die Bahn mit der Kennnummer 424 033-9 wurde am 16. April 2003 vom damaligen Oberbürgermeister Klaus Arnecke auf den Namen „Rattenfängerstadt Hameln“ getauft.

Seitdem fährt die rote S-Bahn ihren Namen nicht nur durch das Weserbergland spazieren. Die Bahn AG hatte beschlossen, einigen ihrer hier eingesetzten Bahnen Städtenamen zu geben, um so die Verbundenheit mit der Region Hannover zu dokumentieren. Hameln zählte zur ersten Stadt, die hierfür ausgewählt wurde. Der Schriftzug „Rattenfängerstadt Hameln“ und das Logo sind beidseitig an den Enden des Zuges angebracht.